1536年、スコットランド。クルガン率いるフレイザー一族との戦いで戦死したハイランダー一族のコナーは、死から蘇り、山奥で妻と暮らしていた。数年後、彼の元に現れたスペイン人ラミレスは、自分やクルガン、コナーらは、首をはねられない限り死ぬことはなく、“究極の宝”を求めて未来の“集合の時”へ向けて戦う運命にあると語る。現代のニューヨーク。謎の殺人事件を追うNY市警の女性鑑識課員ブレンダは、ナッシュという古物商と知り合う。ナッシュこそ数百年生き続けて来たコナーだった…。